در ارائه مورد اخیر ارسال شده به میدان تحقیق* سرور پیش چاپ، محققان در مورد طبقه بندی نادرست سندرم حاد تنفسی حاد ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) زیرمتغیر Omicron BA.1 به عنوان زیرمتغیر Omicron BA.2 در تجزیه و تحلیل واکنش زنجیره ای پلیمراز نوع خاص (vsPCR) گزارش کردند.
ردیابی انواع برای نظارت ژنومی SARS-CoV-2 حیاتی است. توالی یابی نسل بعدی (NGS) تکنیکی است که اغلب برای شناسایی انواع مختلف استفاده می شود، زمان گیر است و از نظر اقتصادی مقرون به صرفه نیست. سنجش vsPCR روشی سریع‌تر و مقرون‌به‌صرفه‌تر برای تشخیص جهش‌های تعریف‌کننده نوع است و به تقویت (در مورد جهش) یا پیک‌های خاصی در دماهای ذوب که پس از تقویت رخ می‌دهد بستگی دارد.
در مورد گزارش پرونده
در ارائه مورد حاضر، محققان در مورد تفسیر نادرست Omicron BA.1 که به عنوان Omicron BA.2 در تجزیه و تحلیل vsPCR به دلیل جهش نقطه ای یافت شد، گزارش دادند.
اسید ریبونوکلئیک SARS-CoV-2 (RNA) از بیماران مبتلا به بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) برای سنجش NGS و vsPCR استخراج شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با استفاده از خط لوله سفارشی و قرار دادن نمونه فوق سریع بر روی tRees موجود انجام شد. (ژنوم UShER) برای تعیین انواع SARS-CoV-2.
اختلافی در نتایج آنالیزهای NGS و vsPCR در مارس 2022 برای 17 نمونه COVID-19 از ویگو، اسپانیا مشاهده شد. یک خوشه Omicron BA.1.1.14 الگوی دمای ذوب مشابه Omicron BA.2 را به دلیل وجود جهش نقطه ای C21772T در دو پایه پایین دست حذف اسیدهای آمینه پروتئین SARS-CoV-2 (S) نشان داد. 69/70 (به 69/70del اشاره می شود).
69/70del به طور گسترده برای تمایز بین Omicron BA.1 (حذف 69/70 مثبت) و Omicron BA.2 (حذف 69/70 منفی) توسط vsPCR مورد استفاده قرار گرفته است و بنابراین، جهش C21772T می تواند باعث تفسیر نادرست Omicron BA شود. 1 زیر متغیر به عنوان زیر متغیر Omicron BA.2. بیش از هزار توالی از Omicron BA.1 فهرست شده در ابتکار جهانی در پایگاه داده به اشتراک گذاری تمام داده های آنفولانزا (GISAID) دارای جهش C21772T است. در روشی که حذف 70/69 باعث شکست هدف ژن S (SGTF) می شود، جهش های جدید می توانند باعث شکست در تجزیه و تحلیل مبتنی بر PCR شوند.
این تیم برای تایید اینکه نمونه‌های آلوده به SARS-CoV-2 تک‌فیلتیک هستند، هم‌ترازی‌های متعدد و آنالیز درخت فیلوژنتیک را انجام دادند، و در همراستایی با سویه SARS-CoV-2 ووهان-هو-1 (که به عنوان مرجع استفاده می‌شود) چند هم‌ترازی نادرست بود. کدون 69/70 حذف. بنابراین، جهش به عنوان A21766T (و نه C21772T) در پایگاه های داده Nextclade و CoVSpectrum نشان داده شد.
17 نمونه کووید-19 تحت آزمایش های Hain و تجزیه و تحلیل دوم vsPCR برای آزمایش مجدد قرار گرفتند، پس از آن نتایج مشابه با تفسیر فرعی Omicron BA.2 به دست آمد. پس از ردیابی تماس، 10 توالی مربوط به دانش‌آموزان دبیرستانی پیدا شد و چهار نمونه از نظر اپیدمیولوژیک مرتبط بودند.
جهش A67V (C21762T) در بالادست حذف 69/70 معمولا در انواع Omicron BA.1 وجود دارد. نویسندگان پیشنهاد کردند که جهش نقطه ای C21772T از شناسایی حذف کدون 69/70 جلوگیری می کند و حذف کدون 69/70 باعث از بین رفتن اسیدهای آمینه والین (V) و هیستیدین (H) می شود. با توجه به اینکه کدون های آدنین (A)-تیمین(T)-سیتوزین (C)، ATT و ATA همگی به ایزولوسین (I) تبدیل می شوند، جهش C21772T باعث جایگزینی در توالی اسید آمینه نشد.
نتیجه
به طور کلی، یافته‌های موردی، طبقه‌بندی نادرست زیرمتغیر Omicron BA.1 را به‌عنوان زیرمتغیر Omicron BA.2 به دلیل یک جهش نقطه‌ای که دو پایه نیتروژنی در پایین دست از حذف 69/70 در آنالیز PCR نوع خاص بود، نشان داد. نویسندگان بر این باورند که گزارش مورد اولین مورد از نوع خود است که جهش C21772T را گزارش می‌کند که باعث نتایج منفی در تجزیه و تحلیل vsPCR با هدف حذف 69/70 می‌شود. این گزارش نشان می‌دهد که جهش در اهداف سنجش‌های vsPCR مبتنی بر منحنی ذوب می‌تواند باعث طبقه‌بندی نادرست نوع SARS-CoV-2 شود و بنابراین، تأیید نتایج سنجش vsPCR توسط NGS می‌تواند دقت نظارت ژنومی SARS-CoV-2 را افزایش دهد.
چند سنجش مبتنی بر منحنی ذوب قبل از ظهور Omicron که جهش N501Y پروتئین SARS-CoV-2 S را هدف قرار می دهد، نتایج منفی را برای نمونه های نوع Omicron به همراه دارد، احتمالاً به دلیل جهش هایی که اسید آمینه 501 را احاطه کرده اند. علاوه بر این، زیرمجموعه‌های Omicron BA.4 و Omicron BA.5 که اخیراً ظهور کرده‌اند، دارای الگوی خاصی از جهش‌های غیرمنتظره توسط نرم‌افزار سنجش هستند و نیاز به به‌روزرسانی مداوم نرم‌افزارهای ردیابی انواع را تضمین می‌کنند.
جهش A67V علاوه بر افزودن به چالش‌های پایش ژنومی SARS-CoV-2، تمایز بین زیرمجموعه Omicron BA.1 و زیر متغیرهای Omicron BA.4/5 را امکان پذیر می‌سازد. با این حال، زیر متغیر Omicron BA.4 و زیر متغیر Omicron BA.5 دارای ساختارهای ژنتیکی مشابهی در سایت 69/70del هستند، و بنابراین، اهداف بیشتری برای سنجش vsPCR برای تمایز بین زیر متغیرهای Omicron مورد نیاز است.
*تذکر مهم
Research Square گزارش‌های علمی مقدماتی را منتشر می‌کند که توسط همتایان مورد بررسی قرار نمی‌گیرند و بنابراین، نباید به‌عنوان نتیجه‌گیری، راهنمای عمل بالینی/رفتار مرتبط با سلامتی در نظر گرفته شوند یا به عنوان اطلاعات ثابت تلقی شوند.